Même si la loi ne le dit pas expressément, la conclusion d'une rupture conventionnelle semble exclue avec un salarié dont le contrat est suspendu et qui bénéficie, à ce titre, d'une protection particulière contre le licenciement (par exemple, durant le congé de maternité en vertu de l'article L. 1225-4 du nouveau code du travail, pendant l'arrêt imputable à un accident du travail ou une maladie professionnelle en vertu de l'article L. 1226-9 du même code, etc.). La circulaire no 2009-4 du 17 mars 2009, l'interdit formellement (Circ. DGT no 2009-04, 17 mars 2009).

Il y aura rejet de la demande d'homologation si la rupture conventionnelle s'inscrit dans une démarche visant à contourner les procédures et garanties légales (procédures de rupture pour inaptitude médicale, etc.) (Circ. DGT no 2008-11, 22 juill. 2008).

La jurisprudence a d'ailleurs jusqu'à présent écarté la rupture amiable chaque fois que la loi impose une procédure particulière pour le licenciement.

Ainsi la Cour de cassation exclut-elle la possibilité de conclure une rupture amiable en cas d'inaptitude : « la rupture d'un commun accord du contrat de travail d'un salarié déclaré inapte en conséquence d'une maladie (professionnelle ou non) est illégale » (Cass. soc., 12 févr. 2002, no 99-41.698, no 612 FS-P, Ruban c/ Sté Novello 8 et Cie : Bull. civ. V, no 66).

Or, la loi interdit de licencier les femmes enceintes et les bénéficiaires de congés maternité (C.trav. art L. 1225-4).

Rappelons que la circulaire DGT no 2009-4 du 17 mars 2009 prévoit :

« (…) 1.1 — Issue du droit civil, la rupture amiable a été depuis longtemps reconnue par la jurisprudence comme l'un des modes de rupture du contrat de travail. La rupture conventionnelle, telle qu'elle a été reconnue par l'accord national interprofessionnel du 11 janvier 2008 puis par la loi no 2008-596 du 25 juin 2008 est, en conséquence, une forme organisée de rupture amiable. La rupture conventionnelle, comme toute rupture amiable, procède d'une initiative commune de l'employeur et du salarié de rompre d'un commun accord le contrat de travail.

1.2 — Dans certaines hypothèse, le législateur a estimé que le salarié était placé dans une situation dont la particularité interdisait à l'employeur et au salarié de déroger et de renoncer, par la voie de la rupture d'un commun accord, aux dispositions d'ordre public du code du travail. En ce qui concerne la conclusion d'une rupture conventionnelle pendant une suspension du contrat de travail, il convient ainsi de distinguer la nature de la suspension du contrat de travail. Dans les cas de suspension ne bénéficiant d'aucune protection particulière (congé parental d'éducation congé, congé sabbatique, congé sans solde, etc…), aucune disposition n'interdit aux parties de conclure une rupture conventionnelle. Dans les cas où la rupture du contrat de travail est rigoureusement encadrée durant certaines périodes de suspension du contrat (par exemple durant le congé de maternité en vertu de l'article L. 1225-4, ou pendant l'arrêt imputable à un accident du travail ou une maladie professionnelle en vertu de l'article L. 1226-9, etc…), la rupture conventionnelle ne peut, en revanche, être signée pendant cette période. (…) »

Sources : Dictionnaire Permanent Editions Législatives, Mémento Social 2009 Ed. F.LEFEBVRE